Unter der französischen Besatzung wurde am 9. Juni 1802 per Konsularbeschluss drei Viertel aller Kirchen und Klöster Kölns mitsamt ihrer Ausstattung in Staatsbesitz überführt und damit säkularisiert. Von etwa 120 betroffenen Kirchen, Klöstern und Kapellen wurden manche direkt abgerissen, andere zu Lager oder Fabrikhallen umfunktioniert; - der Dom diente beispielsweise als Proviantlager.
In St. Maria im Kapitol sollen in der Krypta zeitweilig Salzvorräte eingelagert gewesen sein. Dem Abriss entging die Basilika nur, weil sie flugs zur Pfarrkirche umgewidmet wurde. Das Schicksal des Abrisses ereilte stattdessen die bisherige, zugehörige Pfarrkirche Klein-St.-Martin. (RH)